Trong bối cảnh thương mại quốc tế đòi hỏi tốc độ và minh bạch, việc hoàn thành nghĩa vụ thuế cho hàng hóa xuất nhập khẩu đang chuyển mạnh sang môi trường số. Thông tư 51/2025/TT-BTC, quy định thủ tục nộp thuế điện tử trong lĩnh vực hải quan là bước tiến quan trọng trong cải cách, thúc đẩy thanh toán không dùng tiền mặt và mở rộng phương thức nộp thuế. Đây là giải pháp chiến lược giúp tối ưu quy trình cho cả doanh nghiệp và cơ quan quản lý.

1. Bối cảnh pháp lý và mục tiêu của Thông tư 51/2025/TT-BTC

Ngày 24/6/2025, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 51/2025/TT-BTC quy định thủ tục giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, hàng quá cảnh và phương tiện xuất nhập cảnh. Thông tư có hiệu lực từ 07/08/2025 và được xem là bước tiến quan trọng trong:

• Cải cách thủ tục hải quan nhằm giảm thời gian thông quan.

• Thúc đẩy chuyển đổi số trong quản lý thuế.

• Thực hiện Đề án thanh toán không dùng tiền mặt theo Quyết định 1813/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

Mục tiêu chính của Thông tư là mở rộng phương thức nộp thuế, tăng tính linh hoạt và tiện ích cho cả doanh nghiệp và cơ quan hải quan, đồng thời bảo đảm minh bạch, chính xác trong quá trình hoàn thành nghĩa vụ thuế.

2. Bốn phương thức nộp thuế điện tử mới theo Thông tư 51/2025/TT-BTC

2.1. Qua Cổng thanh toán điện tử hải quan

Theo Điều 7 Thông tư 51/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có thể đăng nhập trực tiếp vào Cổng thanh toán điện tử hải quan để thực hiện nộp thuế trực tuyến. Hệ thống này kết nối tức thì với cơ sở dữ liệu của Tổng cục Hải quan, cho phép xác nhận giao dịch ngay trong thời gian thực. Với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, điều này đồng nghĩa việc xử lý nghĩa vụ thuế trở nên nhanh chóng, loại bỏ khâu trung gian, giảm chi phí giao dịch và đảm bảo thông tin thanh toán đồng bộ với hồ sơ hải quan.

2.2. Qua ngân hàng hoặc tổ chức trung gian thanh toán đã phối hợp thu

Căn cứ Điều 8 Thông tư 51/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có thể nộp thuế điện tử thông qua ngân hàng hoặc tổ chức trung gian đã ký thỏa thuận phối hợp thu với Tổng cục Hải quan. Đây là kênh phù hợp với các doanh nghiệp đã quen quy trình thanh toán qua ngân hàng, vừa tận dụng hạ tầng sẵn có, vừa được hệ thống hải quan tự động tiếp nhận và xác nhận. Việc này giúp giảm thiểu sai sót chứng từ, đặc biệt hữu ích cho doanh nghiệp có tần suất giao dịch cao.

2.3. Qua ngân hàng phối hợp thu đồng thời ủy nhiệm thu với Kho bạc Nhà nước

Theo Điều 9 Thông tư 51/2025/TT-BTC, phương thức này cho phép doanh nghiệp nộp thuế điện tử thông qua ngân hàng đã phối hợp thu và đồng thời ủy nhiệm thu cho Kho bạc Nhà nước. Cơ chế kép này đảm bảo tính an toàn cao hơn cho giao dịch, vì dòng tiền vừa được ghi nhận bởi hệ thống hải quan vừa được xác thực bởi Kho bạc Nhà nước. Với các lô hàng giá trị lớn, hình thức này giúp tăng độ tin cậy và minh bạch, đồng thời đáp ứng chuẩn mực kế toán nội bộ của doanh nghiệp.

2.4. Qua ngân hàng hoặc tổ chức trung gian chưa phối hợp thu

Theo Điều 10 Thông tư 51/2025/TT-BTC, doanh nghiệp vẫn có thể nộp thuế điện tử qua ngân hàng hoặc tổ chức trung gian chưa ký thỏa thuận phối hợp thu với Tổng cục Hải quan. Trong trường hợp này, hệ thống sẽ tiếp nhận thông tin thanh toán thông qua cơ chế kết nối dữ liệu và xử lý xác nhận theo thời gian thực. Đây là lựa chọn mở rộng, giúp doanh nghiệp có thêm quyền chủ động, nhất là khi hoạt động tại khu vực chưa có ngân hàng phối hợp thu

3. Lợi ích và tác động đối với doanh nghiệp và hải quan

Với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, việc mở rộng phương thức nộp thuế điện tử mang lại sự linh hoạt chưa từng có: có thể nộp thuế bất cứ lúc nào, từ bất kỳ địa điểm nào, mà không phụ thuộc vào giờ làm việc của ngân hàng. Điều này đặc biệt quan trọng với các doanh nghiệp có lịch giao hàng dày đặc hoặc cần xử lý gấp để thông quan hàng hóa.

Với cơ quan hải quan, các phương thức mới giúp rút gọn quy trình xử lý, giảm giấy tờ, tăng tính minh bạch và nâng cao hiệu quả quản lý. Đồng thời, việc tích hợp cơ chế xác nhận dữ liệu tự động giúp giảm thiểu tình trạng hàng hóa bị giữ tại cảng do chậm trễ thông tin thanh toán.

4. Giải pháp triển khai thực tế cho doanh nghiệp

Để tận dụng tối đa lợi ích từ Thông tư 51/2025/TT-BTC, doanh nghiệp xuất nhập khẩu cần:

• Cải tiến hệ thống quản trị nội bộ, kết nối phần mềm xuất nhập khẩu hoặc kế toán với các kênh nộp thuế mới để đồng bộ dữ liệu.

• Phối hợp với ngân hàng hoặc tổ chức trung gian, đăng ký kết nối và hoàn thiện hồ sơ kỹ thuật theo hướng dẫn của hải quan.

• Tăng cường khâu đối soát và kiểm soát dữ liệu, đảm bảo thông tin thanh toán chính xác để tránh rủi ro hàng bị giữ tại cảng.

• Đào tạo nhân viên xuất nhập khẩu và kế toán về quy trình nộp thuế điện tử mới để tối ưu hóa quy trình, tránh những rủi ro không đáng có.

5. Kết luận

Thông tư 51/2025/TT-BTC không chỉ là một bước tiến về công nghệ mà còn là đòn bẩy pháp lý thúc đẩy ngành hải quan và doanh nghiệp xuất nhập khẩu tiến gần hơn đến mục tiêu số hóa toàn diện. Việc nắm rõ và áp dụng đúng các phương thức nộp thuế điện tử mới sẽ giúp doanh nghiệp vừa hoàn thành nghĩa vụ thuế nhanh chóng, vừa tối ưu chi phí và quy trình, tạo lợi thế cạnh tranh trong bối cảnh thương mại toàn cầu đang thay đổi từng ngày.